無論以哪種方式形成的建設工程合同都有三種情況：無效合同、可變更可撤銷合同和有效合同，以下是三種情況下工程合同結算分析。

1.無效合同的結算

無效合同工程量清單不一致結算應如何處理?依據(jù)《招標投標法》第五十條、第五十二條至第五十五條、第五十七條等6種情形則中標無效，簽訂的合同當然無效。

依據(jù)《合同法》第五十二條有情形之一的，合同無效。

依據(jù)《最高人民法院關于審理建設工程施工合問糾紛案件適用法律問題的解釋》第一條“建設工程施工合同具有下列情形之一的，應當根據(jù)合同法第五十二條第(五)項的規(guī)定，認定無效”。

以上情況出現(xiàn)，無論以哪種方式簽訂的建設工程無效合同，如果工程已實施，依據(jù)《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》進行結算。

《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二條“建設工程施工合同無效，但建設工程經(jīng)竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應予支持”。

第三條建設工程施工合同無效，且建設工程招經(jīng)竣工驗收不合格的，按照以下情形分別處理： (一)修復后的建設工程經(jīng)竣工驗收合格，發(fā)包人工請求承包人承擔修復費用的，應予支持;(二)修稍復后的建設工程經(jīng)竣工驗收不合格，承包人請求支付工程價款的，不予支持。因建設工程不合格造成的損失，發(fā)包人有過錯的，也應承擔相應的民事責任。

也就是說，建設工程合同無效，工程已實施的，參照無效合同結算條款執(zhí)行。

2、可變更可撤銷合同的結算

依據(jù)《合同法》第五十四條“下列合同，當事人一方有權請求人民法院或者仲裁機構變更或撤銷。”

一方以欺詐、脅迫手段或者乘人之危，使對方在違背真實意思的情況下訂立的合同，受損害方有權請求人民法院或者仲裁機構變更或者裁撤。當事人請求變更的，人民法院或者仲裁機構不得撤銷。

當合同中的工程量清單與招標文件的工程量清單不一致，招標人在依據(jù)法律、行政法規(guī)和部門規(guī)章編制的評標標準進行認真細致評標之后， 又能提出合法有效證據(jù)證明合同中的工程量清單有重大誤解或違背了真實意思。這種情況在實務中很少見。

合同已經(jīng)人民法院或仲裁機構變更的，工程結算按變更后的合同結算，合同未變更或撤銷按原合同結算，已撤銷的參照原合同結算條款執(zhí)行。

3、有效合同的結算

依據(jù)《建筑法》第三條“建筑活動應當確保建筑工程質量和安全，符合國家的建筑安全標準”?！逗贤ā返诙倭艞l“建設工程合同是承包人進行工程建設，發(fā)包人支付價款的合同”。也就是說：承包人先進行工程建設，工程符合質量和安全要求驗收合格，發(fā)包人依據(jù)合同支付價款。

基于以上的分析，合同中工程量清單與招標文件中工程量清單不一致，大多數(shù)情況都歸因于招標人責任。在結算階段的依據(jù)是建設工程合同文件，而不是招標文件。發(fā)改委2007版《標準施工招標文件》和住房城鄉(xiāng)建設部2013版《標準工程施工合同(示范文本)》(CF-2013-0201)合同條件中，已明確招標文件不是合同文件構成部分。也就是說，“合同中工程量清單與招標文件工程量清單不一致”是偽命題，因為招標文件不是合同文件。

發(fā)包人硬性分為“合同中工程量清單與招標文件中工程量清單不一致”是合同爭議，依據(jù)合同爭議解決條款進行仲裁或訴訟。無論投標人是否有意為之，仲裁機構或法院依據(jù)的都是合同文件而把招標文件排除在外。除非招標人能夠提出合法有效證據(jù)證明是合同中的工程量清單有重大誤解或違背了真實意思。

無論合同是否有效，辦理結算的重要參考依據(jù)都是合同結算條款和工程量清單，招標文件的工程量清單不是結算依據(jù)。